تم افتتاح كلية الهندسة بجامعة المرقب للعام الجامعي 1990 م وتعد من أوائل الكليات التي تم افتتاحها بالجامعة، حيث تقع كلية الهندسة في مدينة الخمس وتبعد بمسافة 120 كيلومتر عن مدينة طرابلس شرقاً، وأول دفعة تم تخريجها من الكلية كانت سنة 1995 / 1996 م.
تعتمد الكلية نظام الدراسة الفصلي بمعدل فصلين دراسيين في السنة ومدة الدراسة في الكلية 10 فصول دراسية ( 5 سنوات).
تجمع مراحل الدراسة بالكلية النظري والعملي، حيث يدرس الطالب مجموعة من المواد العامة والتخصصية يصل اجمالي عدد وحداتها ما بين (150 - 160) وحدة دراسية بالإضافة الى الدراسة العملية حيث يجري الطلبة مجموعة من التجارب داخل معامل القسم.